1991年，为缓解甘肃省白龙江林区两危困境，实现森林资源的永续利用和可持续发展，根据《甘肃省政府关于同意白龙江林管局在河西发展经济林开展多种经营的批复》（甘政发文〔1991〕026号），做出了关于白龙江林区在合理经营现有森林资源的基础上，部分职工、家属和待业青年转产开发河西，兴办高效农业和生态经济型林业的重大决定，由高台县政府划拨3.2万亩国有土地作为转产开发建设用地，根据当地自然环境和所选项目，全面实施高效农业和生态经济型林业开发建设。

    1996年，为了整合资源加快河西转产开发建设的步伐，决定将洮河、迭部、舟曲三个林业局下属的三个开发公司重组合并，并于1996年6月14日正式注册成立了甘肃省白龙江林管局河西综合开发局，从此实现集中统一开发建设和生产经营。

    1997年开始，对河西开发的土地资源、光照热量、气候水源等因素在充分进行调研论证的基础上，结合实际，河西综合开发局提出了以葡萄庄园建设为根本，葡萄酒生产为基础，特色产品和品牌建设为依托，市场营销和经济效益为目标的产业发展思路。截止2002年，建成了优质高效酿酒葡萄庄园10000亩，精心栽培出蛇龙珠、贵人香、赛美容、美乐等十几种名贵葡萄品种；由河西综合开发局发起成立了甘肃祁连葡萄酒业有限责任公司。

    2010年，为积极响应国家天然林资源保护工程政策，经甘肃省林业厅甘林场函〔2010〕435号文件同意、白龙江林业管理局白林管人字〔2010〕401号文件批复，在原河西综合开发局经营的公益林建设和产业发展的基础上成立了甘肃省白龙江林业管理局南华林场并纳入天保工程二期管理范围，2011年正式启动实施国家天然林保护二期工程，南华林场总面积28.19万亩。南华林场通过二十余年的生态治理、综合开发建设，千年戈壁变成了绿洲，万亩葡萄园硕果累累，一行行杨树守卫在田间地头、一排排松树挺立在走廊咽喉要道，绿水青山点染高台大地，职工生活水平和经济收入稳步提升，职工队伍团结稳定，产业开发得到了稳定可持续发展，生态建设取得了良好成效。

    2019年3月15日，经过历时一年多的国有林场改革，根据《中共甘肃省委机构编制委员会对白龙江林业管理局国有林场改革机构设置和人员编制调整的批复》（甘编委复字〔2018〕5号）精神，白龙江林业管理局决定组建甘肃省白龙江林业管理局南华生态建设局，确定为正县级建制的公益性事业单位。这是省委、省政府的大力支持，也是管理局领导对南华广大干部职工的关心厚爱，南华生态建设局的成立必将为河西的生态建设发展、群众生产生活改善带来更多褔祉，也为更好的加强资源保护、统筹生态建设和产业发展提供了更加坚实的保障。这是河西转产开发史上一件具有划时代意义的大事、喜事，标志着河西产业开发和生态建设又迈入一个崭新的历史发展阶段。

    2021年6月4日，根据中共甘肃省机构编制委员会《关于调整甘肃省白龙江林业管理局有关机构编制事项的通知》（甘编委发〔2021〕9号）、中共甘肃省机构编制委员会办公室《关于甘肃省白龙江林业管理局所属部分事业单位更名的批复》》（甘编办复字〔2021〕18号）和甘肃省林草局党组《关于所属部分事业单位更名的通知》》（甘林党发〔2021〕52号）文件精神，经白龙江林业保护中心党委常委会议研究决定，将甘肃省白龙江林业管理局南华生态建设局更名为甘肃省南华生态建设管护中心。下设机关事务站、种苗和林业有害生物防治检疫站、林木良种培育站、治沙所、南华林场、骆驼城林场6个基层单位和党委工作部、纪委办公室、工会办公室、办公室、人事科、规划财务科、造林科、天保办、资源管理科、产业管理科、护林防火科、机关党总支12个机关科室。基层党组织设置为1个党委（中共甘肃省南华生态建设管护中心委员会），1个党总支（中共南华生态建设管护中心机关总支委员会），8个党支部（中共南华生态建设管护中心机关第一支部委员会、中共南华生态建设管护中心机关第二支部委员会、中共南华生态建设管护中心机关事务站支部委员会、中共南华生态建设管护种苗和林业有害生物防治检疫站支部委员会、中共南华生态建设管护中心治沙所支部委员会、中共南华生态建设管护中心南华林场支部委员会、中共南华生态建设管护中心骆驼城林场支部委员会、中共南华生态建设管护中心离退休党员支部委员会）。