一、 机关内设机构
阿夏管护中心机关内设党委工作部、纪委办公室、工会办公室、办公室、人事科、规划财务科、造林科、资源管理科、天保办、产业管理科、科研宣教科、保护监测科、护林防火科、机关党总支14个科室。主要职能如下：
1. 党委工作部：负责宣传、贯彻、落实党的路线、方针、政策和上级党组织的指示、决定；负责党务、文秘机要工作；负责基层党的建设；负责乡村振兴衔接工作；负责职工思想政治工作；负责巡查工作；负责共青团、武装、政法、维稳、保密、统战侨务、法治宣传教育、意识形态及宣传、微信公众号、白龙江林业杂志投稿等工作。业务对口保护中心党委工作部。
2. 纪委办公室：监督执纪问责。负责党员纪律教育工作；负责对组织和党员履职尽责及行使权力的监督，受理处置党员群众检举举报，开展谈话提醒、约谈、函询；检查和处理各级组织和党员违反党章或其他党内法规案件；进行问责或提出责任追究的建议；受理党员的控告和申诉；保障党员权利；办理行政责任追究或政务处分事项；负责科级干部任中和离任经济责任审计、林业资金使用审计；对重要事项开展专项审计调查，对委托中介机构所出具的审计报告进行稽查，监督检查所属单位内部控制的建立和执行并提出审计建议。业务对口保护中心纪委。
3. 工会办公室：按照《工会法》和《事业单位工会工作条例》履行各项职责；做好职工队伍的思想政治引领工作，深化群众性精神文明创建活动；开展劳动和技能竞赛，开展群众性技术创新、技能培训活动，全面提升职工队伍素质；开展民主管理工作 ，落实职工各项权益，做好服务职工工作，协助党政办好职工集体福利事业；加强工会组织建设， 开展“职工之家”创建活动，管理使用好工会资产，加强工会经费和工会资产审查审计监督工作。业务对口保护中心工会。
4. 办公室：负责组织协调处理机关政务；负责督查督办各项工作的落实；负责办理行政文秘、政策法规、法务、档案、信访、接待安排、车辆调配、对外合同签订、史志等工作。业务对口保护中心办公室。
5. 人事科: 负责领导班子建设、干部和人才队伍建设、干部监督、机构编制、岗位设置、人事档案、人事调配、劳动工资、职称评聘、干部教育培训、职工培训、考核、再就业、离退休人员管理等工作；负责办理社会养老、医疗、失业、工伤、生育保险和低保等工作。业务对口保护中心人事处、社保处。
职能增加：文化教育、医疗卫生和计划生育工作。业务对口增加保护中心科教信息处。
6. 规划财务科：负责制定发展近、中、长期规划；负责项目、基本建设、预决算编审、资金和资产监督管理、计划、统计、财务管理、政府采购管理、绩效监控与评价、内部控制、资金稽查等工作；负责住房公积金管理工作。业务对口保护中心规划财务处。
7. 造林科：负责制定造林绿化、公益林年度和中长期规划；建立公益林建设规章制度和管理办法；组织实施公益林、商品林建设；负责指导种苗管理、林业有害生物防治、林区道路养护等工作；负责森林培育、植被恢复与生态修复各项业务工作。业务对口保护中心造林处。
8. 资源管理科：负责贯彻执行国家和省上有关保护森林资源自然保护地管理的有关法律法规、政策、制度；负责森林资源管理和资源调查工作；组织作业设计调查规划和生物多样性评估；负责新成林验收、资源档案管理、票证管理、林地林权及征占用林地管理、森林抚育、采伐限额等工作；负责国家级公益林生态效益补偿管理和公益林区划落界、林地变更工作。业务对口保护中心资源管理处。
9. 天保办：负责贯彻执行国家和省上天保工程的法律、法规、技术标准和方针政策；负责天保工程实施情况的自查和“四到局”自评；配合国家和省上完成天保工程实施情况核（复）查；负责天保工程基础管理，制订完善天保工程相关管理制度和办法；负责天保工程人员管理和社会保障系统更新工作；负责天保工程档案的收集、整理和归档；负责工程信息统计、汇总和上报。业务对口保护中心天保办。
10. 科研宣教科：负责编制年度和中长期科研工作计划;组织开展科学研究、科学考察和推广;负责加强与国内外大专院校、科研单位联系与合作;负责陆生野生动植物的对外合作交流工作;负责保护区科研项目申报、立项、实施和管理，开展科研业务培训;组织开展科研专项调查和野生动物及生物多样性巡护监测工作，建立健全生物多样性标本和电子档案;开展多种形式的宣传活动，提高保护区的知名度和社会影响力;结合宣传教育主题，开展科普知识讲座和教育实践活动，定期组织干部职工进行学习培训;负责社区共管，开展社区调查，建立共管体制工作; 负责信息化建设工作。业务对口保护中心科教信息处。
11. 保护监测科：负责贯彻执行国家和省上陆生野生动植物、湿地保护的有关法律法规、政策、制度；负责自然保护区监督管理和勘界立标工作；负责环境保护与监测；负责陆生野生动植物资源、湿地保护管理工作；保护和恢复珍稀、濒危野生动植物生存环境；负责湿地保护管理工作；开展野生动物救助，负责野生动物疫源疫病监测防控和处置工作; 负责林政普法、执法等工作。业务对口保护中心天保办、资源管理处。
12. 产业管理科：负责产业管理，制定后续产业开发计划，重点经营项目筛选论证，提供政策技术咨询；指导监管内外产业开发项目，经营性资产的经营，协调贷款及项目投资、招商引资、对外经济合作、经济合同审查备案等工作。业务对口保护中心产业管理处。
职能增加：负责保护区各类项目申报、立项、实施和管理。业务对口保护中心规划财务处。
13. 护林防火科：负责森林防灭火、禁种铲毒、消防安全、绩效考核、安全生产、平安甘肃建设等工作；负责管护所日常监督检查工作。业务对口保护中心护林防火处。
14. 机关党总支：负责宣传、贯彻、落实党的路线、方针、政策和管护中心党委的决定；负责机关党务、文秘机要工作；负责机关党的建设；负责机关职工思想政治工作；负责机关工会、共青团等群团组织；负责机关法治宣传教育、意识形态及宣传；负责机关环境卫生。
二、直属单位
阿夏管护中心下设直属单位10个，分别是：
旺藏保护站；达拉保护站；阿夏保护站；洛大保护站；
机关事务站；种苗和林业有害生物防治检疫站；
森林草原消防队；鑫树公司；干休所；幼儿园。
